—— PROUCTS LIST
【Vi-CELL视野】Vi-CELL XR细胞识别参数新建和优化操作指南
Vi-CELL XR细胞计数仪的分析软件中自带六种细胞类型（Cell Type），分别是CHO、Hybridoma、SF-9、SF-21、Vero和Yeast（如下图所示）。
如果我们使用Vi-CELL XR细胞计数仪时，需要检测一种新的细胞，该如何创建合适的Cell Type参数呢？针对这个问题，我们编写了这个Cell Type识别参数新建和优化的操作指南。
从分析软件界面File→Cell Types→Add进入Cell Type新建界面（如下所示），譬如Cell Type命名为“Demo Cell Type"。
注意：
若是Vi-CELL XR测试过的旧项目或转移项目，按以前使用的Cell Type参数直接在General和Image Analysis窗口输入相应的数值即可。
若是新的项目使用Vi-CELL XR未检测过的细胞，则可以从软件已有的六种细胞类型（Cell Type）中挑选一个大小、形态和团聚都接近待测细胞的Cell Type来参考设置识别参数。
务必在输入样品检测信息“Log in sample"界面中选上“Save Images"（如下照片中红色箭头所示）。
若发现检测结果Total下面的活细胞密度“Viable cells/ml"、活率“Viability"和平均直径“Avg. diam (microns) "不正常，或者检查拍摄的细胞照片中有不少未识别到的细胞，或者照片中有死/活细胞的错误识别，此时就需要对Cell Type的识别参数进行优化。
第一步：
检查测试完的50张细胞照片中有无没被软件识别标记的细胞（死细胞标记为红色、活细胞标记为绿色），若有较小或较大的细胞未被识别，通过设置合适的Minimum Diameter和Maximum Diameter，将未识别到的小细胞和大细胞标记为死/活细胞。可以设定所需细胞的直径范围，若照片中有颗粒超出该范围，则被认为不是细胞。
第二步：
通过Minimum Diameter和Maximum Diameter调整后还有未识别的细胞，此时就需要对细胞识别参数Cell Brightness、Cell Sharpness、Minimum circularity和Decluster degree进行优化。具体操作如下所示：
Cell brightness（细胞亮度）：指细胞边界亮度，用于区分细胞像素和背景像素，一般默认设置为85。
Cell Sharpness（细胞清晰度）：考察细胞边缘厚度和模糊程度的参数，一般默认设置为100。
Minimum circularity（最小圆度）：用于限定细胞的圆度下限，从而消除细胞碎片的影响，该参数只影响标记的死细胞。当设置1时，要求细胞是的圆，一般默认设置是0.5。
Decluster degree（去团聚度）：根据团聚细胞中的平均细胞数量来选择团聚度，若没有团聚可以选择None；若存在少量明显的细胞团聚，譬如2-3个细胞的团聚选择Low；照片中出现许多团聚细胞时选择Medium，针对酵母细胞选择High。
团聚度级别从None到High以此逐级提高，默认是Medium。None（无）→Low（低）→Medium（中）→High（高），设置越靠后，统计分析得到的细胞数越多。
第三步：
死/活细胞标记错误时，需要对参数Viable Spot Brightness或Viable Spot Area优化。
Viable Spot Brightness（活细胞斑点亮度）：是查看细胞中心的亮度，以确定细胞是活细胞还是死细胞，细胞中心越亮越白，会判定为活细胞，反之则为死细胞。细胞中心亮度高于该数值的被记为活细胞，反之是死细胞。该数值常见设置范围是70-90。
Viable spot area（活细胞斑点面积）：该参数是活细胞亮斑面积占细胞总面积的百分比，超过该数值的细胞被识别为活细胞。
对于低浓度细胞样品，拍摄的照片数量Images改为100张，以提高统计分析结果的可靠性。对于剪切力比较敏感的细胞，建议Aspiration和Trypan blue mixing cycles设置小一些，可以分别设为1和2。对于需要更长时间染色的细胞，可以将Trypan blue mixing cycles设置更大一些。
分析结果达到预期时保存这个优化后的Cell Type，然后使用这个新建的Cell Type多检测几组细胞样品，从而验证这些参数设置是合适的。因为Vi-CELL XR检测分析的细胞一般有成千上万个，所以偶尔有几个细胞没有被识别到，关系不是很大。
